El Monestir de Santa Maria d’Amer a primera vista no sembla un monestir, però si ens introduïm dins la seva llarga història i els alts i baixos que ha passat, ens podem adonar de la gran importància que aquest monestir va tenir a la història de Catalunya. Fou tanta la transcendència que quatre dels seus abats foren presidents de la Generalitat de Catalunya.

La seva història comença l’any 844 on es troba alguna referència a Amer. Una cel·la benedictina dependent de Sant Medir, un antic monestir situat prop de Girona, i que després de la seva destrucció, l’any 926 es va traslladar definitivament a Amer. Uns anys més tard, el 949, es transformà en un monestir benedictí dedicat a Santa Maria, Sant Joan i Sant Benet.

El seu patrimoni era molt i molt extens, però fou objecte de diversos litigis entre el seu abat i alguns senyors, com els del castell d’Hostoles, els Campllong o els comtes d’Empúries.

El monestir entra en crisis a inicis del s. XIV, amb una davallada de població causada per la pesta i per l’augment dels impostos. El mal estat en què es trobaven algunes parts del monestir, com el claustre o la sala capitular, i el deteriorament causat pels terratrèmols dels anys 1425 i 1428,  va culminar amb l’agregació dels monestirs d’Amer i de Roses.

Al s. XVII, durant la guerra dels Segadors, fou escenari de l’enfrontament amb les tropes de Felip IV i moltes de les dependències quedaren totalment destruïdes.

Amb les desamortitzacions del s. XIX va acabar en mans particulars, i la seva església va esdevenir l’actual església parroquial.